本所之課程將針對台灣及東部地區的區域特性與系所發展方向重點，規劃基礎理論、方法技術及實務應用等三大課程架構。

一、基礎理論課程：
涵蓋基礎地球科學理論與研究課程，包含地球物質、地球化學、地球物理、地質熱力學、大地構造、同位素定年學、區域地質、地震學、構造地質、地表過程、沉積學、地形學、水文地質、海洋學、全球環境變遷、碎型理論等次領域學科。

二、方法技術課程：
涵蓋空間資料收集分析與環境監測技術相關課程，包含遙測、地理資訊系統(GIS)、數位攝影測量、環境分析、資源評估、風險分析、地圖學、環境地球化學、地質統計、資料處理、GMT繪圖、野外地質、地球化學儀器分析、測地學、應用地球物理、測量與衛星定位系統(GPS)應用等次領域學科。

三、實務應用課程：
涵蓋教育推廣及專業發展相關課程，地球科學教育理論與趨勢、環境影響評估、自然災害評估、環境敏感帶調查、國家公園與保護區經營管理、環境地質、地景保育、環境資源保育、全球環境變遷、地球系統科學、中(小)學地球科學教材教法、戶外教學設計等次領域學科。

規劃：(96學年度後入學)

•本所畢業最低學分為28學分為(不含論文)，必修4學分，選修至少24學分。
•一般生修習課程每學期以13學分為上限，在職生以10學分為上限。
•研究生應研究需要可跨校、院、系、所修習課程，至多6學分(含)，但需申請並經本所同意。

綱要：

•97學年度課程綱要 (適用97學年度後入學)
•96學年度課規 (適用96學年度後入學)
•95學年度課規 (適用94.95學年度後入學)