本所專任教師目前有多項研究計畫進行中，主要的建教合作委託機構有:國科會、教育部、農委會、花蓮縣政府等。

劉瑩三教授：
1.臺灣北部地區新石器時代具紅彩陶器/陶片的成分分析與原料來源研究。
2.台灣西南部西寮遺址出土陶片岩象學與拉曼光譜分析及其應用研究。
3.重點特色領域人才-東部生態旅遊人才。

張有和教授
花蓮美崙溪週邊地表移動記錄與破壞之初探

蔡金河教授：
東秦嶺造山帶區域變質之岩石學與微結構分析研究 (2/3)。

顏君毅教授：
造山帶與碰撞沉積盆地間之沉積物轉移機制與地質記錄-以台灣東部中央山脈、海岸山脈為例。