蛋白質生化實驗室成立於2001年，本實驗室研究主要以蛋白體方法研究木黴菌抗立枯絲核菌之生物防治機制相關的研究。

　　 研究內容：Trichoderma harzianum是一土生性鞭狀真菌，在生物防治上能保護許多植物免於植物病源真菌如Rhizoctonia solani及Botrytis cinerea的感染，故能部份取代化學性的殺真菌劑，而減少對環境的衝擊。雖然Trichoderma spp.在生物防治上成就顯著，但是對T. harzianum如何對R.solani及其他植物病源真菌發揮防制功能，其體內及體外蛋白質體的變化，尚無研究。本計畫將比較T. harzianum生長於經處過R. solani及葡萄糖的不同環境下，分別取T. harzianum細胞內及細胞外蛋白質，透過二維電泳及laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry，及配合資料庫搜尋來鑑定蛋白質種類，另外再配合N端蛋白質定序來鑑定蛋白質，以了解T. harzianum遇到植物病源真菌時，菌體內外蛋白質表現的差異，進而了解生物防治的機制。

　　實驗研究均積極參與國科會計畫或教育部計畫，並在國際研討會與期刊均有論文發表，未來將繼續在蛋白質生化相關領域中鑽研努力，期能有更輝煌的研究成果。