1. 2011/03 - 2011/12。代表性生態系之蘇花海岸生態系長期生態研究網計畫第三期。太魯閣國家公園管理處。
  2. 2010/04 - 2010/12。99年度二氧化碳通量儀器運轉維護及資料分析。莊振義，夏禹九(共同主持人)。環保署。
  3. 2010/03 - 2010/12。代表性生態系經營管理之霧林帶指標物種棲地問題計畫(二):雲霧帶化學組成及時空分布調查。太魯閣國家公園管理處。
  4. 2009/08 - 2011/07。棲蘭山樣區台灣扁柏森林生態系的土壤異營性呼吸研究。國科會。
  5. 2009/04 - 2009/12。代表性生態系經營管理－蘇花海岸生態系長期研究網計畫第一期。林思民(共同主持人)。太魯閣國家公園管理處。
  6. 2009/03 - 2009/12。二氧化碳通量儀器運轉維護及資料分析專案計畫。莊振義，夏禹九(共同主持人)。環保署。
  7. 2009/01 - 2011/12。亞熱帶山地雲霧林的雲霧顆粒分佈及動態研究(台德PPP計畫)。夏禹九(共同主持人)。國科會。
  8. 2008/08 - 2011/07。台灣雲霧林生態系特性與適應之研究－臺灣雲霧林生態系雲霧分佈與動態特性。國科會。
  9. 2008/08 - 2009/07。棲蘭山台灣扁柏森林生態系呼吸作用。國科會。
  10. 2006/08 - 2008/07。鴛鴦湖雲霧森林不同樹冠高度對不同粒徑雲霧的攔截研究。國科會。
  11. 2007/04 - 2008/12。96~97年度二氧化碳通量儀器運轉維護及資料分析。夏禹九，謝正義(共同主持人)。環保署。
  12. 2006/03 - 2006/12。二氧化碳通量測站及推動國際合作計畫。夏禹九，謝正義(共同主持人)。環保署。
  13. 2005/03 - 2005/12。二氧化碳通量監測先導性計畫。夏禹九，謝正義(共同主持人)。環保署。
  14. 2004/08 - 2005/07。霧林帶台灣扁柏森林生態系水分及養分輸出研究。國科會。
  15. 2005/02 - 2006/01。颱風對台灣扁柏森林生態系土壤養分循環之影響研究(3)。王巧萍(共同主持人)。國科會。
  16. 2004/02 - 2005/01。颱風對台灣扁柏森林生態系土壤養分循環之影響研究(2)。王巧萍(共同主持人)。國科會。
  17. 2003/01 - 2004/12。檜木林樹冠層二氧化碳及水蒸氣氣體交換之研究(台德PPP計畫)。夏禹九(共同主持人)。國科會。

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