利用噬菌體呈現(phage display)技術探索抗菌peptide

  近年來，抗菌peptides在基礎研究及臨床應用均引起了廣泛的興趣。由於抗菌peptides特殊之作用機制及專一性，被認為較不易引發細菌抗藥性。所以如何發掘探索更多更新的antimicrobial peptides (AMP)，並從中研發新一代的抗生素，漸受重視。噬菌體呈現技術是一個可想得到的好方法。利用噬菌體呈現random peptide library，可篩選與細菌細胞或蛋白質分子等具高親和力，甚至可抑制細菌生長之peptides。經由phage DNA定序，即可得知此peptide之amino acid sequence。本計劃將使用噬菌體呈現技術，篩選能抑制細菌生長之peptides。同時以生物資訊方法分析已知AMP database，設計新的AMP。這些peptides將被合成，進行循理化修飾，並測試其功能。同時，本計劃將探討AMP之作用機制，並與具蛋白質轉導功能的cell-penetrating peptides (CPP)作比較。

利用分子對街(molecular docking)軟體篩選抗菌分子

生物資訊是跨領域的新興科技，應用範圍極為廣泛。「分子辨識及藥物發現」是生物資訊極能發揮其功能的一個領域。目前，生物資訊已成功地應用在藥物設計研發，並取得相當成果。在後基因體時代，在面臨細菌對現有抗生素紛紛產生抗藥性的時代，利用生物資訊發現第四代抗生素的潛力亦日益受到重視。本研究擬取得DS (Discovery Studio) Modeling及IDDS (Integrated Drug Design System) 等軟體及各種分子結構資料庫，使用PC cluster及ZINC分子結構資料庫，虛擬篩選出docked compounds。所得之target leads，將以molecular modeling軟體做進一步分析後，取得lead compounds，透過組合有機化學合成相關compounds，測試抑菌之能力，進行有關發現抗生素分子方面之研究。