在民進黨執政時期，歷任的原民會主委大致支持平埔族的訴求。然而，在國民黨贏回政權以後，一切都改觀了。大體而言，目前具有原住民族身分者仍有相當疑慮，或許是因為擔心資源的排擠。

        然而，並非光憑具有想像中的平埔血統，就可以證明自己是平埔族。台南縣政府去年地毯式清查日本時代戶口名簿，發現目前縣民具有平埔註記者，只有三百多人，倘若加上其直系血親，也不過5,788人；如果我們再加上平埔族的大本營埔里，令人懷疑是否總數會超過兩萬人。

        原民會的主張不外乎平埔族當年未在機會之窗登記，因此，實際上就是放棄自己的身分，不能出爾反爾；至於平埔族為何沒有登記，主要的理由是沒有意願當「山地同胞」。另外，主事者也說明，由於立法院遲遲未能通過『原住民族認定法』，沒有法源可以認定平埔族，也就無法讓族人登記。前者的說法是「無意」，後者則是「無法」，把自己的責任推得一乾二淨。

        在行政措施上，台南縣長指示民政局受理西拉雅族縣民申請補登記為「平地原住民」，在戶政資訊系統的「民族登記別」中的「其他」欄加以註記。沒多久，原民會函台南縣政府，表示該縣登記作業違法，並配合內政部的電腦作業，將上述其他欄刪除。

        台南縣政府主張平埔族當年「不知」要登記，因為省政府當年的行政命令並未送達；而根據日後的人口普查，仍有相當平埔族承認自己的身分，顯示這些族人並不知道有身分登記這回事，非因為瞧不起「山地人」而不願意登記。原民會則認為是他們過去沒有意願，現在當然不能反悔。

        此外，原民會的官員不只一次對外表示，反對平埔族回復原住民族身分的理由，是他們過於漢化，所以喪失資格，這可以稱為「失格」說。比較嚴重的是，是「無意」背後的絃外之音也就是平埔族瞧不起山胞的指控；到底這是普遍的現象、還是某些個人／族群的經驗，應該有更周延的探討，特別是真相、解釋、以及化解之道。

       另外，除了冠冕堂皇的說法，底層的理由包括當年行政單位的便宜行事，把平埔族與「住在平地的高山族」混為一談，這可以稱為「行政無知」。如果是因為過去政府「無知」、或是便宜行事所導致的行政疏失，現在的政府當然應該立即加以補正，並且要採取適度的補償，不能有事不關己的態度。

       另外，是否相互競爭有限資源的分配，恐怕是大多數原住民菁英所關心的。資源有限的說服力不大，畢竟，在「利益衝突」之下，原民會把自身的「公親」身分矮化為「事主」，理當有起碼的迴避，更不用說當作裁決者，否則，原民會只是自我定位為現有原住民身分者的代言人、而非超然而公正的國家機器的一部分。

        最後，不能公開明說的隱秘意圖，是平埔族與高砂族在歷史上的恩怨情仇，迄今未能公開討論、或是對話，只能停留於私下的囁嚅。作為原住民族事務的最高主管單位，原民會有義務出面進行歷史的解構、以及重建，為兩者的歷史和解鋪路，畢竟，有關於原住民族權利的保障，有相當大的成分是建立在歷史的補償，而絕大多數的歷史記載，尤其是土地剝奪、以及文化支配，最大的受害者是首當其衝的平埔族。