立委補選結果，國民黨丟三席，低迷氣勢未止，主因依然是國民黨未能安撫內部派系，甚至有學者解讀這或是國民黨中央刻意「削藩」結果。

台大政治系教授王業立指出，國民黨在立委補選失利，是由於黨內整合碰到困難：桃園縣分裂、新竹縣表面握手言和，私下卻暗鬥，就連該贏得漂亮的花蓮縣，王廷升只險勝蕭美琴六千票。「藍軍分裂問題，在五都選舉也會是一個隱憂。」

東華大學原住民民族學院院長施正鋒則認為，國民黨這次似乎是鐵了心要削藩，對付地方派系寧可空降候選人，也絕不讓步、即使四席全輸，也要壓制地方派系，有些許與綠軍既鬥且合的味道，「等於借民進黨之手去除派系。」

王業立認為，金溥聰帶領國民黨走改革派，仍喚不起藍色選民的熱情，並不盡然是金一人的責任，還牽涉到各地方派系問題盤根錯節，以及馬英九政績不佳。目前藍營要面對基層派系反彈與氣勢低迷，金溥聰應做好整體配套辦法。

王業立特別強調，不論藍綠，「空降部隊」通常都沒有表現可言，像蕭美琴和陳學聖就是例子，這也給兩大陣營一個警惕：人才培養須長期規畫。

不過王業立與施正鋒都認為選舉結果對年底五都選舉影響不大，畢竟立委補選牽涉地方派系問題，而五都選舉的戰區在都會區；如果國民黨因此大舉改造，甚至可能喚醒中間選民的支持。